משק ניר עציון שם דגש רב על מערכת החינוך הבלתי פורמלית של חברת ילדים והנוער.
בפעילות הבלתי פורמלית נוטלים חלק כל ילדי המשק מכתה א' עד כתה יב', כאשר מכתה ד' משולבת הפעילות עם תנועת הנוער של הציונות הדתית – "בני עקיבא".
על מערך הפעילות הבלתי פורמלית אחראית ועדת החינוך של המשק.
המשק מקנה חשיבות רבה לתחום המדובר ומקצה לו משאבים רבים, ובראשם העסקתם של מדריכי נוער ורכז נוער בוגרי צבא, שאחראים על מערך ההדרכה ועובדים בשיתוף פעולה עם המדריכים הצעירים, בני המשק בגילאי התיכון.
התכנים והפעילות בחברת הילדים והנוער חופפים לתכנים של תנועת בני עקיבא הארצית, ובנוסף מתקיימים מפעלים ייחודים למשק כגון "המחנון" – מחנה בזעיר אנפין לכיתות א-ד, "קייטנה נודדת" – טיול בן חמישה ימים המיועד לגלאים הבוגרים ועוד.
בחופשות משתלב הנוער בעבודה בענפי המשק, ובעת הצורך הוא נרתם למשימות שונות הנדרשות במשק.
